Lammps模型構建的方法之一：組合模型構建對于Lammps初學者，建模的方法主要有以下幾種：1、在Lammps中自行建模，適合金屬等簡單的模型，如果遇到聚合物就比較麻煩了；2、通過第三方軟件建模，例如：Matlab、Python、VMD、Material Studio(MS)等軟件，建完模型轉換成data文件導入到Lammps中。今天本文主要是介紹在MS中建聚合物，以12烷為例，導入到Lammps中，

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再在Lammps中建立金屬模型，以Al為例，再組合生成一個完整模型，以便于後面開展計算，同時在建模的過程中解釋很多新手在學習這種組合模型構建的困惑。首先介紹在MS中建聚合物12烷，具體建模方式可以學習手冊，這裡說12烷在進行創建盒子和進行幾何優化都使用pcff力場，如圖1，然後生成*.car文件，使用Lammps自帶的msi2lmp進行文件轉換，生成data文件。MS的模型有很多種方法轉換到適合Lammps的data文件，

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本文只針對msi2lmp轉換這種方式進行描述。在這裡面需要解釋為什麼在MS裡建聚合物，而不在這裡建金屬模型。MS有個巨大的問題是在于這裡面的力場和msi2lmp進行轉換的時候只有兩種力場可以互相轉換：cvff和pcff力場，如圖2。而cvff和pcff力場都是適用于有機物，如圖3，所以金屬模型在這裡轉換的時候需要把鍵都要刪除，否則類似氧化鋁這種金屬之間有Al-O鍵，在cvff和pcff力場中是無法識別的，所以要是建復雜一點的金屬模型就很麻煩，但是單晶的金屬在這裡建都無妨。所以本文最終選擇只在MS中建立12烷，使用pcff力場。圖 1圖 2圖3通過Lammps建立Al模型，模型in文件如圖4，在這裡對于新手的一個建議就是in文件的書寫一定要規範，便于以後自己辨認。圖4現在開始將12烷模型和Al模型合並到一個模型中去，再輸出data文件，這樣做的目的是將建模和計算分開，以便于後續的仿真計算。代碼如圖5：先給12烷賦予勢函數，然後讀取12烷和Al模型，兩者通過命令合成一個模型。再給組合模型一個混合勢，分別描述12烷、Al模型以及他們之間的相互作用。最後進行分組，輸出data文件，模型如圖6所示。圖5圖5 至此，組合模型已經建立成功。由于作者是Lammps初學者，如有錯誤，還希望各位大佬們指正！另外，在這裡非常感謝哈爾濱工業大學沈榮琦博士和中南大學強元寶碩士在這項學習上的幫助！ 作者：李玉海 哈爾濱工業大學博士 研究方向：等離子清洗光柵，有機污染的吸附脫附 郵箱：15546027805@163.com今天是農歷三月初三，南京下起了雨。雖然江蘇已經連續二十多天沒有新的本地新冠確診病人出現，原來的病患也都已出院回家。但境外不斷有輸入性的零星確診者來到江蘇，因此形勢還很微妙，所有的學校都還沒有開學，大家都是呆在家裡線上授課。昨天傍晚的時候，在閒居小山的一方廢棄菜畦裡，看到一大片開花的薺菜，星星點點，如碎裂的白米，如青絲中的霜發，亦如綠樹杪上落著的如夢春雪。 想起南京有三月三薺菜花煮雞蛋的習俗，就隨手採了一把，帶回家了。薺菜， 在不同地方有不同的名稱，有稱菱角菜、護生草、地米菜、雞腳菜的，小時候在家我們稱它“花薺菜”，南京人也有人稱它為磕頭菜，未知出于何典。薺菜在地中海地區、歐洲和亞洲廣泛分布，遍布世界溫帶地區。我國很早就有食用野生薺菜的傳統，《詩經·邶風·谷風》中有“誰謂荼苦，其甘如薺”的詩句。《爾雅》中稱：“薺味甘錛人取其葉作菹及羹亦佳”。薺菜分板葉和花葉兩個類型，板葉薺菜又稱大葉薺菜，葉片寬而長，羽狀缺刻葉，生長快，產量高。花葉薺菜又稱散葉薺菜，葉片窄而較短，羽狀全裂。古代文獻中所稱的大薺、小薺可能正對應于這兩個品種，花葉薺菜滋味香甜，相比于板葉薺菜，更受人歡迎。中國古代文人中有很多喜歡吃薺菜的人，

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如蘇東坡說薺菜是“天然之珍錛雖小甘于五味錛而有味外之美”。鄭板橋說“三春薺菜饒有味錛九熟櫻桃最有名”。 在詩人之中，最喜歡吃薺菜且為之寫詩最多的是陸遊。什麼“春來薺美忽忘歸”錛 “長魚大肉何由薦錛凍薺此際值千金”等。其《食薺》詩稱：“採採珍蔬不待畦，中原正味壓蓴絲。挑根擇葉無虛日，直到花開如雪時”。宋時四川人把薺菜粥稱東坡羹，陸遊也比較喜歡吃。《食薺糝甚美，蓋蜀人所謂東坡羹也》詩稱：“薺糝芳甘妙絕倫，啜來恍若在峨岷。羹下豉知難敵，牛乳抨酥亦未珍。異味頗思修淨供，秘方常惜授廚人。午窗自撫膨腹，好住煙村莫厭貧”。 在陸遊的心目中，薺菜粥的口味比蓴羹、牛奶還要好。薺菜所含薺菜酸具止血作用，膽堿、木樨素、雲香□等可降血壓，□□類化合物等對癌細胞有抑制作用，因此常食薺菜，對防治內出血、高血壓和癌症等都是有益的。古人稱薺菜為淨腸草，可以蕩滌腸胃，特別適合城市中平常以肉食為主的人群。唐代著名的宦官高力士被貶，途徑巫州，很為當地農人居然不食薺菜而感到奇怪。他的詩《感巫州薺菜》稱：“兩京作斤賣，五溪無人採。夷夏雖有殊，氣味都不改”。高力士不了解的是，對于農民來說，其飲食結構中缺的不是青蔬野菜，缺少的是肉類等高蛋白食品。筆者小時候生活在蘇北鄉村，雖也吃薺菜，但並不把它當成美味佳餚。每年到三月三這個時候，小麥田裡薺菜長到與麥苗齊高，望上去真是如星火燎原，甚是討厭。那時候沒有除草劑，只有全家老少出動，一起到田裡拔薺菜，幾個小時下來，腰酸背痛，真是辛苦極了，年紀大的人，只有帶著板凳，坐下來一步一步踱著拔。現在農民普遍使用除草劑，農田的薺菜變得很少了，只在一些荒置的田塊中比較多。南京“三月三，薺菜花煮雞蛋”的習俗據說來源于2000多年前的古老節日“上巳節”（薺菜亦稱“上巳菜”）。上已節，又稱“三已”“重三”。古代這一天許多婦女豔妝出遊水濱，

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還下河沐浴，此儀式稱作“祓禊”。祓，即袪除。而禊為潔意。所謂“祓禊”，就是以水洗去污垢和疾疫。古人認為錛不孕或只生女不生男也是一種疾病錛故除下河水療外錛多子房而又有藥殺之性的薺菜因暮春花盛、隨地可得錛便成為這一風俗追求的象征。這一天婦女下河洗澡，男人想來也不會只在岸上旁觀。《後漢書·禮儀志上》稱“是月上巳，官民皆e於東流水上”。對此南朝的劉昭注稱：“蔡邕曰：《論語》‘暮春者，春服既成，冠者五六人，童子六七人，浴乎沂 ，

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風乎舞雩，詠而歸。’自上及下，古有此禮。今三月上巳，祓禊於水濱，蓋出於此。”曾有人翻譯《論語》中的這段話為：二月過，三月三，穿上新縫的大布衫；大的大，小的小，一同到南河洗個澡；洗罷澡，乘會涼，回來唱個“山坡羊”。以俗釋雅，此譯妙絕。既有此源流，民間遂衍生出許多習俗與傳說。南京有人將三月初三稱為薺菜花生日。據說古時南京婦女在此日均戴薺菜花。還有民謠雲稱：三月三，

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薺菜花賽牡丹，女人不戴無錢用，

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女人一戴糧倉滿。至于薺菜花煮雞蛋的傳說，有的人還將其與華佗聯系到一起。稱東漢末年華佗來到當時的建鄴（現在的南京），

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借宿于一農家，此家有一老婦，常患頭疾，發生時頭痛欲裂。華陀給她開了一個薺菜花煮雞蛋吃的偏方，結果食之而愈，于是形成了這一習俗。傳說是否可靠，這是很難辯明的。但南京人喜歡吃野菜的傳統確可能與三國及南朝時期佛教傳入南京有關。南朝四百八十寺，多少樓台煙雨中。孫吳時期佛教開始在南京興起，到南朝梁武帝時，逐漸形成了寺院、宮廷和民間普遍食素的風氣。“南京一大怪，不愛葷菜愛野菜”；“三天不吃青，兩眼冒火星”這些俗話正是地方飲食習慣的生動寫照。南京人春天常食的野菜有薺菜、苜蓿頭、馬蘭頭、枸杞頭、香椿頭、馬齒莧、蔞蒿、鵝兒腸等8種，合稱為“旱八仙”。另外還有蓮藕、茭白、慈姑等“水八仙”。 “旱八仙”中，正以薺菜為首。還有人列出“石城野蔬十二釵”錛即薺菜、馬蘭頭、豌豆莢、茭兒菜、香椿、蘆蒿、莧菜、蕹菜、地耳、菊花腦、茭白、菱角等12種野菜，薺菜亦在其中。薺菜在民俗中，除了食用而外。因其有清香藥味錛南京人還用以驅除螞蟻、蚊蟲。他們在三月初三用帶根帶花的整棵薺菜拂灶、抹灶錛 並口呼：“三月三，薺菜花掃灶台，螞蟻不上來”。也有人將其置于灶頭、門上，以及鋪席之下錛以驅除蟲蟻。以前還有人把薺莖曬幹作燈杖之用錛也意在退避蚊蛾。，